Căn cứ vào các quy định của pháp luật, kết quả kiểm tra thực tế, ý kiến của các cơ quan chức năng, ngày 27/11/2020, Cục Điều tiết Điện lực (Bộ Công Thương) đã có quyết định số 108/QĐ-ĐTĐL thu hồi giấy phép hoạt động điện lực của Thuỷ điện Thượng Nhật (Thừa Thiên Huế) vì những vi phạm của thuỷ điện này trong thời gian vừa qua.
Đoàn công tác của Bộ Công Thương đã lập biên bản vi phạm hành chính thủy điện Thượng Nhật trong lĩnh vực an toàn đập thuỷ điện theo quy định tại Nghị định số 134/2013/NĐ-CP. Đối với vi phạm quy định về giấy phép hoạt động điện lực, Đoàn kiểm tra sẽ báo cáo Bộ trưởng Bộ Công Thương xem xét thu hồi Giấy phép hoạt động điện lực đối với thuỷ điện này.
Trước việc thuỷ điện Thượng Nhật tích nước trái phép, Bộ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh đã ký quyết định thành lập đoàn công tác kiểm tra công tác quản lý an toàn, vận hành, phòng chống thiên tai tại thuỷ điện này.
Sau khi làm việc đoàn công tác của Bộ Công Thương, lãnh đạo Công ty cổ phần đầu tư thủy điện Miền Trung Việt Nam đã túc trực chỉ đạo khẩn trương khắc phục các, tồn tại trong quản lý, vận hành công trình thủy điện Thượng Nhật (huyện Nam Đông, tỉnh Thừa Thiên Huế).