Kiểm toán nhà nước không có chức năng điều tra nên khó phát hiện các hành vi tham nhũng, tiêu cực tinh vi ẩn sau hoạt động đầu tư của các doanh nghiệp.
Qua thực tế kiểm toán, với “muôn hình vạn trạng” những sai sót được chỉ ra đã cho thấy những “lỗ hổng” của công tác đấu thầu trong đầu tư công.