Thông tư quy định rõ việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan. Theo đó, cơ quan hải quan căn cứ kết quả đánh giá tuân thủ pháp luật đối với người khai hải quan, kết quả phân loại mức độ rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan… để quyết định áp dụng các biện pháp nghiệp vụ như sau: Quyết định kiểm tra hàng hóa trong quá trình xếp, dỡ, lưu giữ tại cảng, kho, bãi, khu vực cửa khẩu; quyết định kiểm tra trong quá trình làm thủ tục hải quan; lựa chọn kiểm tra sau thông quan; quyết định kiểm tra trong quản lý hoạt động kinh doanh hàng miễn thuế; phân loại, quyết định kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đối với quyết định kiểm tra hàng hóa trong quá trình xếp, dỡ, lưu giữ tại cảng, kho, bãi, khu vực cửa khẩu, Thông tư nêu rõ, căn cứmức độ rủi ro trong quá trình xếp, dỡ, lưu giữ tại cảng, kho, bãi, khu vực cửa khẩu và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ra quyết định, cơ quan hải quan quyết định việc kiểm tra hàng hóa và thông báo trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan như sau:

Rủi ro cao, rủi ro trung bình: Kiểm tra thực tế hàng hóa theo một hoặc kết hợp các phương thức sau: a) Kiểm tra không xâm nhập qua máy soi; b) Kiểm tra bằng các phương tiện kỹ thuật khác; c) Kiểm tra trực tiếp bởi công chức hải quan.

Rủi ro thấp: Chưa thực hiện kiểm tra hoặc kiểm tra không xâm nhập qua máy soi theo tỷ lệ lựa chọn ngẫu nhiên để đánh giá tuân thủ pháp luật hải quan.

Đối với phân loại, quyết định kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Căn cứ các quy định của pháp luật thuế và mức độ rủi ro đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, cơ quan hải quan phân loại hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế và áp dụng biện pháp quản lý như sau:

Rủi ro cao: Kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Rủi ro trung bình: Hoàn thuế trước, kiểm tra sau và thực hiện kiểm tra trong thời hạn 03 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Rủi ro thấp: Hoàn thuế trước, kiểm tra sau và thực hiện kiểm tra ngẫu nhiên trong thời hạn 05 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Thông tư 81 có hiệu lực thi hành từ 01/01/2020.